将新冠肺炎 (COVID-19) 监控能力扩展到大城市以外

“上个月，我们经历了自大流行开始以来的[新冠肺炎阳性病例]最高峰，”梅里达生物医学中心的医疗总监 Adrian Alejandro Ceballos López 博士说。 Biomédicos 是墨西哥南部唯一一家将测序应用于临床应用的实验室，该地区经济差距极大。但直到本月推出新的 Illumina COVIDSeq™ Assay 之前，他们尚未对 SARS-CoV-2 病毒进行测序。 Biomédicos 是世界上首批使用 96 样本检测的客户之一。在收到试剂盒后的几天内，他们对 21 个样本进行了测序，并在该地区发现了 15 个 Gamma 变体和 3 个 Alpha 变体。

在尤卡坦州，有大量来自美国和加拿大的退休侨民，以及游览梅里达和附近坎昆的游客。塞巴洛斯·洛佩斯（Ceballos López）想知道游客是否可能会带来变种。 “我觉得该地区很有可能存在 Alpha 或 Delta 变体。Ri目前墨西哥没有强制入境新冠病毒检测。戴口罩仍然是强制性的。”现在他可以对 SARS-CoV-2 进行测序，他将能够确定来源。

“我们的老年人口已经接种了全部疫苗，但40岁至60岁的人只接种了第一剂。我们需要测序，因为我们观察到病毒很容易传播，而且年轻患者的病情更严重。”

Biomédicos 渴望启动测序来检测其所在地区的 SARS-CoV-2。该实验室服务于墨西哥东南端，包括尤卡坦州、恰帕斯州、塔巴斯科州、坎佩切州、金塔纳罗奥州。该实验室还向邻国伯利兹提供服务。

Ceballos López 于 2020 年底购买了用于血液肿瘤学的 Illumina MiSeq™，他很高兴能够使用新的 COVIDSeq™ 检测，该检测允许小型实验室参与监测。 COVIDSeq 检测试剂盒提供的试剂可用于制备多达 96 个样本在 MiSeq™、MiniSeq™ 和 iSeq™ 100 系统上进行测序，这是一种比 NovaSeq™ 6000 上的 3,072 个样本甚至是 NextSeq™ 500/550/550Dx/2000 上的 384 个样本更易于管理的替代方案。

“我们将能够识别具有临床意义的变异，甚至可能是新的变异，”Ceballos López 说。

如今，全球报告的 COVID-19 病例超过 1.91 亿例。许多国家正在对其阳性病例进行测序并报告变异，以支持公共卫生管理。但现有的基因组数据大部分来自大型基因组中心，这些中心的实验室具有高通量样本处理的能力，而投资高通量测序仪的资源有限的国家向新冠病毒监测网络提交的数据也很少。

COVIDSeq 检测为中低通量实验室提供了小规模分散监测的途径，以对病毒变体进行测序和识别，从而帮助公共卫生机构管理 COVID-19 大流行。加强对新出现和流行变种的监测对于全球控制病毒的努力至关重要。

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