让它生长：植物 DNA 数据库，一次一个物种

最初发表于 Illumina 新闻编辑室

植物在地球上可能会消亡，但在互联网上，它们可以永久存在。

这就是 Plant GARDEN 背后的愿景，Plant GARDEN 是一个收集植物基因组的在线数据库。日本 Kazusa DNA 研究所前沿研究与开发部实验室负责人、植物遗传学家 Sachiko Isobe 表示，其他数据库已经存在，但主要是供研究人员使用的。另一方面，Plant GARDEN 希望吸引科学家和行业参与者，以及对植物及其基因组成感兴趣的教育工作者和个人。

“我相信基因组信息的使用将来会扩展到更多领域。因此，我们开发了一个带有用户界面的数据库，让初学者可以轻松访问数据，同时存储专家想要使用的高级信息，”她说。

Plant GARDEN 项目的研究人员正在关注我们植物基因组在植物科学中的各种应用。植物条目的多样性也将使该数据库成为有价值的教育工具，并有助于了解生物多样性以及单个植物如何在植物群落中相互作用。

“尽管该数据库仍处于起步阶段，但我们希望将其打造成可用于学校教育的工具，”Isobe 博士说道。 “例如，孩子们可以轻松地对他们感兴趣的核苷酸序列进行 BLAST 分析。”

Kazusa DNA 研究所成立于 1994 年，是世界上第一个专门从事 DNA 研究的研究中心。该研究所是基因组研究领域的领导者，其应用领域包括医疗保健、农业等。

随着全基因组测序的加速，Kazusa 的研究人员希望让他们从植物中收集的大量信息变得更容易获取。在 Kazusa，矶部和她的同事对学习感兴趣对开花植物或被子植物进行分析和测序，它们具有不同的基因组大小，从 100 兆碱基到 150 吉碱基不等。植物通常含有两组以上的染色体，这也给测序带来了挑战。

当 Isobe 和她的同事听说 Illumina DRAGEN™ Bio-IT 平台时，他们渴望在自己的设施中实施该平台。 DRAGEN 不仅能够以传统方法 1/40 的时间进行基因组测序，而且同样准确。 “通过这种更快的分析，我们现在可以在 Plant GARDEN 中发布更多信息，”Isobe 说。

对于 Isobe 和她的同事来说，Illumina 提供了一种新的解决方案来克服他们在编译植物基因组时遇到的许多挑战。借助 DRAGEN，Isobe 和她的同事已经能够识别新的变异体并研究它们在多种植物物种中的表达和功能。

目前，Plant GARDEN 拥有 120 多种植物物种的信息，包括杜鹃花、fig 树、白萝卜和韩国栗子。该数据库还收集同一植物的多个完整基因组，以捕获可能存在的突变多样性。

“获取不同生物体的基因组序列很重要，但是数据管理平台也变得越来越重要，”Isobe 说。 “我们希望为植物基因组科学家和想要解决世界粮食生产问题和环境问题的人们提供一个用户友好的平台来调查和了解植物多样性。”

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