为肾移植受者提供更准确、更量身定制的护理计划

最初发表于 Illumina 新闻中心

多年来，临床医生一直使用基因组学来更好地为治疗提供信息并个性化治疗。现在，位于美国田纳西州的免疫诊断公司 Verici Dx 希望将个性化医疗镜头转向不同的领域：肾脏移植。

全世界每年有数以万计的患者接受肾移植——还有更多的患者正在等待。但即使器官移植后，排斥反应的风险也是不可预测的。目前，缺乏对受者是否存在移植排斥的高风险的准确测量，因此无法确定受者是否需要更高剂量的药物来应对介导排斥反应的免疫系统。

临床医生通过测量尿液中的蛋白质浓度或血液中肌酸酐分子的水平来预测肾移植的排斥反应。高肌酐或蛋白质水平可能表明需要或临床医生采取更具侵入性的方法并对肾脏进行活检以评估损害。但 Verici Dx 首席运营官 Patti Connolly 解释说，活检的需要并不总是与高蛋白质或肌酐水平相关。 “如果你对每个人进行活检，你会发现大约 20% 的人有排斥反应，但他们的尿蛋白或血清肌酐信号正常。这些患者可能得不到治疗，排斥反应可能会持续发酵，从而面临长期损害的风险。”

Verici Dx 目前正在美国和欧洲正在进行的一项临床试验中验证他们的技术，该技术使用人工智能创建与损伤、排斥或移植失败相关的 RNA 特征。该试验招募了数百名患者，将验证测试性能，并将 RNA 特征与病理结果进行比较，以支持为移植受者提供更准确和量身定制的护理计划。

Verici Dx 开发的技术基于已故 Dr. Verici 领导的研究。芭芭拉·墨菲 (Barbara Murphy) 是纽约西奈山医学院著名的肾移植专家。从 2008 年到 2015 年，墨菲和她在美国和澳大利亚的合作者招募了近 600 名患者进行临床试验，研究他们的转录组，以寻找他们拒绝肾移植的原因的线索。这项研究通常被称为“GoCAR 研究”（慢性肾同种异体移植排斥基因组学），建立了一组参与免疫反应的基因，使用专有算法可以预测患者在肾移植后的表现。 Connolly 说，正是这些数据构成了 Verici Dx 分析训练集的基础。

Illumina NextSeq 2000。上图：Verici Dx 首席执行官 Sara Barrington（左）和首席运营官 Patti Connolly |照片：杰基·奥斯本

在 Verici Dx 的试验中，临床医生在不同时间点从肾移植患者身上采集血液样本，包括之前的时间点移植后，并使用 Illumina NextSeq™ 2000 分析其转录组。Verici Dx 使用 Illumina Connected Analytics (ICA)（部署在 Amazon Web Services (AWS) 云上的安全基因组数据平台）来存储 RNA 测序结果、处理测序数据并使用其算法解释数据集。 Verici Dx 首席执行官 Sara Barrington 表示，ICA 对于理解他们从临床试验中收集的大量数据来说绝对是基础。

ICA 使 Verici Dx 能够处理大型数据集，并在软件平台内跨样本运行机器学习算法。该算法有助于解析基因特征，这些基因特征将表明患者是否可能面临高排斥风险，从而可以在移植后采取更有针对性的免疫抑制治疗方案。巴林顿解释说，测试结果最终可以帮助临床医生了解患者免疫系统的攻击性或良性程度，甚至在移植完成。

“我们与 Illumina 合作的目标是为临床医生采取更加个性化的方法创造机会，”Connolly 说。

未来，Barrington 希望 Verici Dx 的预测能力能够完全放弃侵入性活检的需要，因为血液样本将为患者的排斥状态提供充足的线索。 “重要的是我们技术的可操作数据，”巴林顿说。 “临床医生确实会将其添加到他们的工具带中，并[使用它]结合临床判断和其他因素做出决策。”

慢性同种异体移植肾排斥的基因组学 GoCAR研究 照亮 Illumina 互联分析 (ICA)Illumina NextSeq™ 2000 维里西·德克斯